前沿 | 液体活检应用井喷！北京协和医院焦宇辰研究员开发出用于肝癌检测的甲基化液体活检方法

中国医学科学院和北京协和医学院焦宇辰研究员带领的一个研究小组表明，他们对循环无细胞DNA（cfDNA）中的突变和DNA甲基化模式进行分析的方法可以检测出肝细胞癌（HCC）肝癌病例。

该报告于11月23日发表在《Science Translational Medicine》上，在报告中，研究人员写道：“我们开发了Mutation Capsule Plus（MCP）技术，支持突变和甲基化变化的平行分析（MCP分析），以及通过CpG串联靶点扩增从头发现甲基化标记物。”

研究人员最初使用了一种被称为‘CpG串联靶向扩增’（CTTA）的甲基化检测和分析方法，在从30名HCC患者和30名无HCC对照者的血浆样本中的cfDNA生成的pre-MCP库中寻找信息性甲基化标记。

通过将这种甲基化线索与在60名HCC病例和60名未受影响的对照者的样本中用MCP发现的DNA突变模式相结合，该团队建立了一种基于MCP的HCC检测算法，该算法基于10个信息性甲基化标记和少数蛋白质编码或启动子区域的序列，其性能优于单独基于甲基化或突变的生物标记。

在该训练队列中测试该模型后，研究人员将其应用于另外58名HCC患者和198名非HCC患者，该方法似乎有大约90%的灵敏度和94%的特异性。

同时，当他们把它应用于从300多个无症状乙肝病毒感染者身上收集的样本时，研究人员报告说，他们的平行突变和甲基化分析方法能以80%的灵敏度和94%的特异性找到HCC病例。在该HBV队列中，cfDNA策略发现了五个已知HCC病例中除一个以外的所有病例。

更广泛地说，MCP方法使得系统地统计循环肿瘤DNA中容易出现的DNA甲基化和突变转变成为可能，包括单个碱基变化、长的插入和缺失以及其他更复杂的突变类型。

作者报告说：“这些发现表明，MCP技术在发现和验证用于无创检测癌症的多组学生物标志物方面具有潜力，综合分析方法允许对基于cfDNA的生物标志物进行比较，揭示了甲基化和突变生物标志物对HCC检测的互补模式。”

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